Kamień węgielny został wmurowany 8 maja 1986 roku, a symbolicznym aktem potwierdzającym duchowe znaczenie nowego miejsca kultu była pielgrzymka do sanktuarium w Kobylance w 1988 roku. Uroczyste przeniesienie kopii cudownego obrazu Pana Jezusa Ukrzyżowanego do kaplicy w Kawęczynie, z udziałem bp. Władysława Bobowskiego, podkreśliło znaczenie tej świątyni dla wiernych. Poświęcenie kościoła przez abpa Jerzego Ablewicza w maju 1989 roku było ważnym wydarzeniem dla nowo powstałej społeczności.

Przez prawie dziesięć lat kaplica pełniła funkcję kościoła dojazdowego dla parafii w Sędziszowie Młp., aż do momentu, gdy w 1998 roku bp Kazimierz Górny utworzył Rektorat, mianując ks. Zygmunta Markowicza pierwszym rektorem. Kult Pana Jezusa Ukrzyżowanego, zwłaszcza w okresie Wielkiego Postu, stał się ważnym elementem duchowości kościoła, przyciągając wiernych do wspólnej modlitwy i refleksji.

Erygowanie parafii w Kawęczynie przez bp. Kazimierza Górnego w 2002 roku i mianowanie ks. Zygmunta Markowicza pierwszym proboszczem było docenieniem wysiłków lokalnej społeczności i duchowieństwa. Budowa plebanii po utworzeniu rektoratu umożliwiła dalszy rozwój parafii, co świadczy o ciągłej trosce Kościoła o duchowe i materialne potrzeby wiernych. Kawęczyn, z nowym kościołem i rozwijającym się kultem cudownego wizerunku z Kobylanki, stał się ważnym ośrodkiem życia religijnego w regionie.