Przełom nastąpił w drugiej połowie XIX wieku, kiedy to, dzięki testamentowej hojności hrabiny Teresy Veissenwolff, która przeznaczyła fundusze na utworzenie dwóch parafii w ziemi sanockiej, konsystorz przemyski zdecydował w 1870 roku o budowie kościoła w Baligrodzie. Dwa lata później, w 1872 roku, utworzono ekspozyturę obejmującą Baligród i okoliczne wsie, co było preludium do budowy nowej świątyni. Budowa kościoła, poświęconego Niepokalanemu Poczęciu Najświętszej Maryi Panny, rozpoczęła się w 1877 roku i zakończyła poświęceniem przez dziekana leskiego ks. Jana Tomaniewicza w 1879 roku.

Rozwój duchowy miasta kontynuowano poprzez erygowanie parafii 23 listopada 1889 roku, na terytorium wydzielonym z parafii w Hoczwi. Pierwsza wojna światowa przyniosła jednak tragedię; kościół został uszkodzony, a jego ówczesny proboszcz, ks. Jan Peszek, zginął. Mimo tych wydarzeń, społeczność nie ustawała w dążeniu do rozwoju, czego dowodem było oddanie do użytku murowanego Domu Katolickiego w 1930 roku.

Na przełomie tysiącleci, w latach 1997–2001, Baligród wzbogacił się o nowy kościół pw. Miłosierdzia Bożego, co stanowiło kolejny krok w kształtowaniu duchowego oblicza miasta. Ta nowa świątynia, wraz z historią jej poprzedników, jest świadectwem ciągłości tradycji i wiary społeczności Baligrodu, która pomimo wielu przeciwności, kontynuuje swoje religijne dziedzictwo.